Les coronavirus existent depuis au moins des centaines de millions d’années, mais du point de vue de l’épidémiologie et de l’histoire médicale et en tant que zoonose, c’est au XXIe siècle qu’ils ont pris de l’importance : « cinq des sept coronavirus humains ont été isolés au cours de ce siècle. Et malheureusement, les trois derniers sont entrés dans notre vie avec les craintes liées à une épidémie, une pandémie ou à la mort ».
Depuis 1930, le Corona virus a été caractérisé par diverses manifestations pathologiques de voies respiratoires chez les volailles et les humains dans différents coins du monde jusqu’en 2019-2024 où il a provoqué la maladie a écrit son histoire mortelle, laissant des familles sans espoir et la société tout entière dévastée.
Les chauves-souris et les oiseaux, en tant que vertébrés volants à sang chaud, seraient les hôtes idéaux pour les coronavirus, assurant l’évolution et la dissémination du virus.
Ces coronavirus sont normalement spécifiques à un taxon animal comme hôte, mammifères ou oiseaux selon leur espèce ; mais ils peuvent parfois changer d’hôte à la suite d’une mutation. Leur transmission interhumaine se produit principalement par contacts étroits via des aérosols respiratoires générées par les éternuements, la toux ou la phonation. Plus de 500 types de coronavirus ont été isolées chez la chauve-souris et il existerait plus de 5 000 types de coronavirus.
Les Coronavirus sont de grands virus à ARN enveloppé monocaténaire de sens positif (sens de l’ARNm) et il y en a sept, tous les coronavirus sont connus pour causer des maladies humaines principalement les maladies respiratoires, causant environ un des « rhumes » et des syndromes respiratoires : SRAS, MERS et COVID-19.
Le principal site de réplication du coronavirus étant les cellules épithéliales des voies respiratoires, celui-ci est responsable d’environ un tiers des rhumes chez l’homme.
Entant que scientifique, plaise à vous de développer un des types suivants du Coronavirus : SRAS, MERS et COVID-19, RHUMES
GÉNÉRALITÉS SUR LE RHUME
Définition : inflammation des voies respiratoires supérieures, principalement nasales.
Agents étiologiques : virus (rhinovirus, coronavirus, adénovirus, etc.).
Symptômes : écoulement nasal, éternuements, toux, légère fièvre, fatigue.
✓ Ma synthèse pour ce sujet est constituée de trois questions:
1. Pourquoi ne développe-t-on pas d’immunité durable contre les rhumes, malgré des infections répétées ?
C’est Parce que le rhume est causé par de nombreux virus différents (plus de 100 types de rhinovirus, coronavirus, etc.). De plus, ces virus mutent rapidement, donc l’immunité acquise contre un type ne protège pas contre les autres.
2. Comment expliquer l’absence d’un vaccin universel contre le rhume ?
C’est à cause de la grande diversité des virus responsables et de leurs mutations fréquentes, il est très difficile de créer un vaccin qui couvre toutes les souches. De plus, le rhume est généralement bénin, donc ce n’est pas une priorité de santé publique.
3. Pourquoi les virus à ARN, comme ceux du rhume, mutent-ils plus rapidement que les virus à ADN ?
Parce que les virus à ARN utilisent des enzymes (ARN polymérases) qui n’ont pas de mécanisme de correction d’erreur, contrairement aux ADN polymérases. Cela entraîne plus de mutations, donc une évolution plus rapide.
le syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) :
Définition : Le SRAS est une maladie respiratoire virale grave causée par un coronavirus (SARS-CoV).
Origine : La première épidémie de SRAS a été identifiée en Chine en 2002-2003.
Transmission : Le virus se transmet principalement par contact étroit avec une personne infectée, via des gouttelettes respiratoires.
Symptômes : Fièvre élevée, toux sèche, difficultés respiratoires, douleurs musculaires et fatigue.
Période d’incubation : Généralement de 2 à 7 jours, mais peut aller jusqu’à 14 jours.
Gravité : Le taux de mortalité était d’environ 10% lors de l’épidémie de 2002-2003.
Diagnostic : Basé sur les symptômes, l’historique des voyages et des tests de laboratoire.
Traitement : Principalement symptomatique, avec une assistance respiratoire si nécessaire.
Prévention : Mesures d’hygiène strictes, isolement des cas suspects, et surveillance internationale.
Recherche : Le SRAS a stimulé la recherche sur les coronavirus, ce qui a été utile lors de l’émergence du COVID-19.
Voici un aperçu général du rhume, incluant sa classification, sa structure, son cycle de réplication et son diagnostic biologique :
Généralités
Le rhume, aussi appelé rhinite virale, est une infection virale bénigne et très contagieuse des voies respiratoires supérieures (nez et gorge).
Il est l’une des maladies infectieuses les plus courantes chez l’humain.
Les symptômes typiques incluent l’écoulement nasal, la congestion nasale, les éternuements, le mal de gorge et la toux.
Classification
Agent étiologique :Principalement des virus.
Familles virales les plus fréquentes :
Rhinovirus (le plus commun, appartenant à la famille des Picornaviridae)
Coronavirus
Virus respiratoire syncytial (VRS)
Virus influenzae (grippe, mais peut causer des symptômes de rhume)
Virus para-influenzae
Adénovirus
Structure du Rhinovirus (exemple)
Puisque les rhinovirus sont la cause la plus fréquente des rhumes, voici un aperçu de leur structure :
Virus non enveloppé : Le rhinovirus n’a pas d’enveloppe lipidique externe.
Capside icosaédrique :sa capside (coque protéique) a une forme icosaédrique, composée de 60 sous-unités.
Génome ARN :Le matériel génétique est un ARN simple brin de polarité positive.
Cycle de Réplication (Rhinovirus)
1. Attachement :Le virus se lie aux cellules épithéliales de la muqueuse nasale via des récepteurs spécifiques (par exemple, ICAM-1 pour certains rhinovirus).
2. Entrée :Le virus entre dans la cellule par endocytose récepteur-médiée.
3. Décapsidation :L’ARN viral est libéré dans le cytoplasme de la cellule.
4. Réplication : L’ARN viral est traduit en protéines virales, y compris l’ARN polymérase ARN-dépendante, qui réplique l’ARN viral.
5. Assemblage :Les protéines virales et l’ARN viral nouvellement synthétisé s’assemblent pour former de nouvelles particules virales.
6. Libération :Les nouveaux virus sont libérés de la cellule, infectant d’autres cellules et propageant l’infection. La libération peut se faire par lyse cellulaire (éclatement de la cellule) ou par un processus non lytique.
Diagnostic Biologique
En général, le rhume est diagnostiqué cliniquement, c’est-à-dire basé sur les symptômes rapportés par le patient. Les tests de laboratoire ne sont généralement pas nécessaires. Cependant, dans certaines situations (par exemple, en recherche ou en cas de symptômes atypiques), des tests peuvent être effectués :
PCR (Réaction en Chaîne par Polymérase) :Détection de l’ARN viral dans des échantillons nasaux ou de gorge. La PCR est une méthode sensible et spécifique pour identifier le virus responsable.
Tests d’antigènes viraux :Détection rapide des antigènes viraux dans des échantillons nasaux. Ces tests sont moins sensibles que la PCR.
Culture virale :Isolation et culture du virus à partir d’échantillons nasaux ou de gorge. Cette méthode est moins couramment utilisée en routine clinique.
Important
Le rhume est généralement bénin et guérit spontanément en quelques jours à une semaine.
Le traitement est principalement symptomatique (repos, hydratation, médicaments pour soulager la fièvre et la douleur).
Les antibiotiques sont inefficaces contre les virus et ne doivent pas être utilisés pour traiter le rhume.
Si les symptômes sont sévères ou persistent, il est conseillé de consulter un médecin pour exclure d’autres infections
La COVID-19 est une maladie infectieuse causée par le SARS-CoV-2, un virus à ARN de la famille des Coronaviridae, identifié pour la première fois en Chine en 2019. Elle se transmet principalement par les gouttelettes respiratoires et peut provoquer des formes allant de l’asymptomatique à des complications sévères comme le syndrome de détresse respiratoire aiguë.
Le virus est classé dans le genre Betacoronavirus et présente une structure typique des coronavirus, avec des protéines de surface (S, E, M) et une nucléocapside (N) enveloppant son génome. La protéine S est essentielle pour l’entrée du virus dans les cellules humaines en se liant au récepteur ACE2.
Le cycle de réplication débute par la fixation du virus sur la cellule hôte, suivie de l’entrée, de la réplication de l’ARN viral, de la synthèse des protéines, de l’assemblage des nouvelles particules et de leur libération.
Le diagnostic repose essentiellement sur la détection directe du virus par RT-PCR, qui reste la méthode de référence, ainsi que sur les tests antigéniques pour un dépistage rapide. La sérologie permet de détecter les anticorps après infection. Enfin, certains marqueurs biologiques comme la CRP, les D-dimères ou la lymphopénie sont utilisés pour évaluer la sévérité de l’infection.
▎Synthèse des Travaux Pratiques sur les Infections Virales des Voies Respiratoires Supérieures
▎GROUPE 1 – RHUMES
1. Généralités
• Le rhume est une infection bénigne et fréquente des voies respiratoires supérieures, principalement causée par plus de 200 virus, notamment les rhinovirus (30-50 % des cas), les coronavirus saisonniers, les adénovirus et certains entérovirus.
• Transmission : Contact direct (mains contaminées) et voie aérienne (gouttelettes).
• Incubation : 1 à 3 jours.
• Durée des symptômes : Environ 7 à 10 jours.
• Saisonnalité : Plus fréquents en automne et en hiver.
• Population touchée : Tous les âges, avec une prévalence accrue chez les enfants.
• Complications : Rares, mais peuvent inclure des surinfections bactériennes, otites et sinusites.
2. Classification
• Rhinovirus :
• Famille : Picornaviridae, genre Enterovirus.
• Génome : ARN simple brin positif, non segmenté (~7,2 kb).
• Coronavirus saisonniers :
• Famille : Coronaviridae, genre Alphacoronavirus ou Betacoronavirus.
• Génome : ARN simple brin positif, long (~30 kb).
3. Structure
• Rhinovirus :
• Non enveloppé, avec une capside icosaédrique.
• Diamètre : ~30 nm.
• Protéines structurales : VP1 à VP4.
• Coronavirus saisonniers (ex. 229E, OC43, NL63, HKU1) :
• Virus enveloppé, taille d’environ ~120 nm.
• Protéines : S (spicule), E (enveloppe), M (membrane), N (nucléocapside).
4. Cycle de Réplication
• Rhinovirus :
• Entrée via récepteurs ICAM-1 ou LDL-R sur les cellules épithéliales.
• Réplication dans le cytoplasme avec traduction directe de l’ARN en polyprotéines.
• Libération par lyse cellulaire.
• Coronavirus :
• Attachement via récepteurs (ex. NL63 utilise ACE2).
• Fusion membranaire, traduction et synthèse d’un complexe de réplication, production de sous-génomes.
• Assemblage dans le Golgi et libération par exocytose.
5. Diagnostic Biologique
• Généralement peu indiqué sauf en contexte épidémique ou chez les immunodéprimés.
• Méthodes disponibles :
• RT-PCR multiplex pour virus respiratoires.
• Détection antigénique (peu sensible).
• Cultures cellulaires pour recherche académique.
—
▎SARS-CoV-1
1. Généralités
• Découvert en 2002 à Guangdong (Chine).
• Symptômes : Fièvre (>38 °C), toux sèche, myalgies, céphalées, dyspnée.
• Complications : Syndrome de détresse respiratoire aiguë (SDRA) et insuffisance multiviscérale.
• Transmission : Pas de transmission durant la phase asymptomatique.
Le MERS-CoV (Coronavirus du Syndrome Respiratoire du Moyen-Orient) : les généralités, la classification, la structure, le cycle de réplication et le diagnostic biologique :
1. Généralités
Nom complet : Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus (MERS-CoV)
Découverte : 2012 en Arabie Saoudite
Réservoir : Chameaux (dromadaires) et chauves-souris
Transmission : Zoonotique principalement, puis interhumaine (contact étroit)
Taux de mortalité : ~35% (élevé comparé à d’autres coronavirus)
Symptômes : Fièvre, toux, dyspnée, parfois insuffisance rénale ou choc septique
2. Classification
Famille : Coronaviridae
Genre : Betacoronavirus
Sous-genre : Merbecovirus
Type de virus : Virus à ARN monocaténaire, sens positif (+ssRNA)
Groupe Baltimore : Groupe IV
3. Structure
Capside : Hélicoïdale, enveloppée
Génome : ARN simple brin (+), long de ~30 kb
Protéines structurales :
S (Spike) : Attachement au récepteur cellulaire (DPP4/CD26)
E (Envelope) : Formation de l’enveloppe virale
M (Membrane) : Assemblage du virus
N (Nucléocapside) : Association avec l’ARN
Récepteur cellulaire : DPP4 (dipeptidyl peptidase 4)
4. Cycle de réplication
4.1. Attachement : Protéine S se lie au récepteur DPP4 sur la cellule hôte
4.2. Entrée : Fusion de l’enveloppe virale avec la membrane cellulaire ou par endocytose
4.3. Traduction précoce : Synthèse des protéines non structurales (protéines de réplication)
4.4. Réplication : ARN viral répliqué et transcrit en ARN subgénomiques
4.5. Synthèse tardive : Traduction des protéines structurales
4.6. Assemblage : Dans le réticulum endoplasmique et Golgi
4.7. Bourgeonnement et libération : Par exocytose
5. Diagnostic biologique
Méthodes directes :
RT-PCR : Test principal sur prélèvements nasopharyngés, trachéaux ou bronchiques
Culture virale : Rare, nécessite niveau de biosécurité élevé
Séquençage : Pour surveillance épidémiologique
Méthodes indirectes :
Sérologie (ELISA, immunofluorescence, neutralisation virale) : Pour détection d’anticorps (IgM/IgG) – utile en phase convalescente ou surveillance
Le coronavirus MERS-CoV (Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus), incluant les généralités, la classification, la structure, le cycle de réplication et le diagnostic biologique :
1. Généralités
Nom : MERS-CoV (Coronavirus du Syndrome Respiratoire du Moyen-Orient)
Découverte : 2012 en Arabie Saoudite
Réservoir animal : Chauves-souris (réservoir primaire), dromadaires (hôte intermédiaire)
Transmission : Contact direct avec des dromadaires infectés, sécrétions respiratoires, transmission nosocomiale possible.
Symptômes : Fièvre, toux, dyspnée, pneumonie sévère, insuffisance rénale possible.
Taux de mortalité : Environ 35%
2. Classification
Famille : Coronaviridae
Genre : Betacoronavirus
Sous-genre : Merbecovirus
Type de virus : Virus à ARN monocaténaire, polarité positive
3. Structure
Génome : ARN simple brin, sens positif, ~30 kb
Capside : Hélicoïdale
Enveloppe : Oui (lipidique, sensible aux désinfectants)
Protéines structurales :
S (Spike) : Fixation au récepteur DPP4 (CD26) sur les cellules humaines
M (Membrane) : Organisation de l’enveloppe
E (Envelope) : Assemblage et relargage viral
N (Nucléocapside) : Liaison à l’ARN viral
Récepteur cellulaire : DPP4 (dipeptidyl peptidase 4)
4. Cycle de réplication
1. Fixation : Liaison de la protéine S au récepteur DPP4
2. Entrée : Fusion de l’enveloppe virale avec la membrane cellulaire (endocytose ou fusion directe)
3. Traduction : Synthèse des protéines virales (polymérases, réplicase) à partir de l’ARN viral
4. Réplication : Formation d’un ARN négatif intermédiaire servant de matrice pour de nouveaux ARN positifs
5. Assemblage : Nouvelles particules virales formées dans le réticulum endoplasmique et Golgi
6. Libération : Par exocytose
5. Diagnostic biologique
Techniques principales :
RT-PCR (real-time) : Détection de l’ARN viral dans les prélèvements respiratoires (écouvillons nasopharyngés, aspirations trachéales, LBA)
Sérologie (ELISA, immunofluorescence, neutralisation) : Détection d’anticorps, surtout en phase convalescente
Culture virale : Possible mais réservée aux laboratoires de haute sécurité (BSL-3 ou BSL-4)
Autres analyses :
Hémogramme : Leucopénie, lymphopénie
Bilan inflammatoire : CRP, procalcitonine parfois modérément élevés
Imagerie : Opacités pulmonaires (scanner thoracique)
1)Generalite
Définition :le rhume est une infection virale bénigne des voie respiration supérieur, causé principalement par le Rhinovurs,
2) classification
Nous avons :selon origine viral, selon la fréquence, selon localisation
3) structure
Selon la structure nous avons :composition de capside, genome viral, site de liaison cellulaire 4) cycle
Selon le cycle nous avons : attachement à la cellule hôte, entre le cellule réplication de génome
5)Diagnostic
-diagnostic clinique
-examen physique
NB la durée est de 3 à 7 jours le symptômes sont écoulement nasal, nez bouché, mal de golge
La COVID-19 est une maladie infectieuse causée par le SARS-CoV-2, un virus à ARN de la famille des Coronaviridae, identifié pour la première fois en Chine en 2019. Elle se transmet principalement par les gouttelettes respiratoires et peut provoquer des formes allant de l’asymptomatique à des complications sévères comme le syndrome de détresse respiratoire aiguë.
Le virus est classé dans le genre Betacoronavirus et présente une structure typique des coronavirus, avec des protéines de surface (S, E, M) et une nucléocapside (N) enveloppant son génome. La protéine S est essentielle pour l’entrée du virus dans les cellules humaines en se liant au récepteur ACE2.
Le cycle de réplication débute par la fixation du virus sur la cellule hôte, suivie de l’entrée, de la réplication de l’ARN viral, de la synthèse des protéines, de l’assemblage des nouvelles particules et de leur libération.
Le diagnostic repose essentiellement sur la détection directe du virus par RT-PCR, qui reste la méthode de référence, ainsi que sur les tests antigéniques pour un dépistage rapide. La sérologie permet de détecter les anticorps après infection. Enfin, certains marqueurs biologiques comme la CRP, les D-dimères ou la lymphopénie sont utilisés pour évaluer la sévérité de l’infection.
Voici un résumé structuré et clair sur le MERS-CoV (Coronavirus du Syndrome Respiratoire du Moyen-Orient), couvrant les généralités, la classification, la structure, le cycle de réplication et le diagnostic biologique :
—
1. Généralités
Nom complet : Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus (MERS-CoV)
Découverte : 2012 en Arabie Saoudite
Réservoir : Chameaux (dromadaires) et chauves-souris
Transmission : Zoonotique principalement, puis interhumaine (contact étroit)
Taux de mortalité : ~35% (élevé comparé à d’autres coronavirus)
Symptômes : Fièvre, toux, dyspnée, parfois insuffisance rénale ou choc septique
—
2. Classification
Famille : Coronaviridae
Genre : Betacoronavirus
Sous-genre : Merbecovirus
Type de virus : Virus à ARN monocaténaire, sens positif (+ssRNA)
Groupe Baltimore : Groupe IV
—
3. Structure
Capside : Hélicoïdale, enveloppée
Génome : ARN simple brin (+), long de ~30 kb
Protéines structurales :
S (Spike) : Attachement au récepteur cellulaire (DPP4/CD26)
E (Envelope) : Formation de l’enveloppe virale
M (Membrane) : Assemblage du virus
N (Nucléocapside) : Association avec l’ARN
Récepteur cellulaire : DPP4 (dipeptidyl peptidase 4)
—
4. Cycle de réplication
1. Attachement : Protéine S se lie au récepteur DPP4 sur la cellule hôte
2. Entrée : Fusion de l’enveloppe virale avec la membrane cellulaire ou par endocytose
3. Traduction précoce : Synthèse des protéines non structurales (protéines de réplication)
4. Réplication : ARN viral répliqué et transcrit en ARN subgénomiques
5. Synthèse tardive : Traduction des protéines structurales
6. Assemblage : Dans le réticulum endoplasmique et Golgi
7. Bourgeonnement et libération : Par exocytose
—
5. Diagnostic biologique
Méthodes directes :
RT-PCR : Test principal sur prélèvements nasopharyngés, trachéaux ou bronchiques
Culture virale : Rare, nécessite niveau de biosécurité élevé
Séquençage : Pour surveillance épidémiologique
Méthodes indirectes :
Sérologie (ELISA, immunofluorescence, neutralisation virale) : Pour détection d’anticorps (IgM/IgG) – utile en phase convalescente ou surveillance
Le syndrome respiratoire aiguë sévère
1. Généralités :
Le SRAS est une maladie infectieuse émergente causé par le “coranavirus(SARS-Cov)” identifié pour la première fois en “2002-2003” lors d’une épidémie mondiale.
-Transmission: Principalement par gouttelettes respiratoires et contact avec des surfaces contaminées.
– Symptômes: Fièvre, toux, dyspnée, pneumonie sévère pouvant évoluer vers une détresse respiratoire aiguë.
– Taux de létalité: Environ 10%, plus élevé chez les personnes âgées ou immunodéprimées.
2. Classification
– Famille : Coronaviridae
– Genre : Betacoronavirus
– Espèce : SARS-related coronavirus (SARS-CoV-1) est plus virulent.
3. Structure du Virus
– Enveloppe : Lipoprotéique, portant des protéines de surface
Un génome d’ARN monocaténaire de polarité positive.
– Protéines structurales :
– S (Spicule): Médie l’attachement au récepteur ACE2 (Angiotensin-Converting Enzyme 2).
– M (Membrane): important pour la forme du virus
– E (Enveloppe) : Impliquée dans l’assemblage et la libération virale.
– N (Nucléocapside): protège le génome viral.
4. Cycle de Réplication
1. Attachement : La protéine S se lie au récepteur ACE2 sur les cellules hôtes, principalement dans les voies respiratoires.
2. Fusion et pénétration : le virus entre dans la cellule par endocytose ou fusion membranaire.
3. Décapsidation : Libération de l’ARN viral dans le cytoplasme.
4. Traduction des protéines virales: L’ARN génomique sert directement d’ARNm pour la réplicase (complexe RdRp).
5. Réplication de l’ARN: Synthèse d’un brin négatif servant de matrice pour de nouveaux génomes viraux.
6. Assemblage : Les protéines structurales (S, M, E) et le génome s’assemblent dans le réticulum endoplasmique et l’appareil de Golgi.
7. Libération : Exocytose des virions par vésicules.
5. Diagnostic Biologique
– RT-PCR(Gold Standard) : Détection de l’ARN viral dans les prélèvements nasopharyngés, expectorations ou lavages broncho-alvéolaires.
– Sérologie : Détection des IgM/IgG par ELISA ou immunofluorescence (utile en phase tardive).
– Culture virale: En laboratoire de haute sécurité (niveau BSL-3).
– Tests antigénique : Moins sensibles que la PCR, mais rapides.
Conclusion
Le SRAS reste un modèle important pour l’étude des coronavirus émergents (comme le SARS-CoV-2). Sa détection précoce et son confinement sont essentiels pour prévenir les épidémies.
RHUMES
1. GÉNÉRALITÉS
Le rhume est une infection bénigne, très fréquente, des voies respiratoires supérieures principalement le Nez et la gorge , c’est l’une des infections les plus fréquentes surtout chez les enfants
Incubation : 1 à 3 jours.
Durée moyenne des symptômes : 7 à 10 jours.
Saisonnalité : plus fréquents en automne et en hiver.
Population touchée : tous les âges, avec une fréquence accrue chez les enfants.
Complications rares : surinfections bactériennes, otites, sinusites.
Mode de transmission : par gouttelette de salive
Ex : toux , éternuements
✓ par contact direct avec une surface contaminée.
2. CLASSIFICATION
Rhinovirus :
Famille : Picornaviridae, genre Enterovirus.
Génome : ARN simple brin positif, non segmenté (~7,2 kb).
Coronavirus saisonniers :
Famille : Coronaviridae, genre Alphacoronavirus ou Betacoronavirus.
Génome : ARN simple brin positif, long (~30 kb).
3. STRUCTURE
Rhinovirus :
Non enveloppé, capside icosaédrique.
Diamètre : ~30 nm.
Protéines structurales : VP1 à VP4.
Coronavirus saisonniers (229E, OC43, NL63, HKU1) :
Virus enveloppé, grande taille (~120 nm).
Protéines : S (spicule), E (enveloppe), M (membrane), N (nucléocapside).
4. CYCLE DE RÉPLICATION
Rhinovirus :
Entrée via ICAM-1 ou LDL-R sur les cellules épithéliales.
Réplication dans le cytoplasme, traduction directe de l’ARN en polyprotéines.
Libération par lyse cellulaire.
Coronavirus :
Attachement via récepteurs (NL63 utilise ACE2)
Fusion membranaire, traduction, synthèse d’un complexe de réplication, production de sous-génomes.
Assemblage dans le Golgi, libération par exocytose.
5. DIAGNOSTIC BIOLOGIQUE
Peu indiqué sauf en contexte épidémique ou chez les immunodéprimés.
Méthodes disponibles
PCR multiplex pour virus respiratoires.
Détection antigénique (peu sensible).
Cultures cellulaires.
MERS
Le MERS-CoV (Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus) est un coronavirus responsable du syndrome respiratoire du Moyen-Orient, une infection sévère des voies respiratoires touchant les humains.
1) Généralités
Le MERS-CoV (Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus) a été découvert en avril 2012 chez l’être humain. Il s’agit d’un virus zoonotique, c’est-à-dire qu’il se transmet des animaux à l’homme, principalement via les dromadaires.
Après l’infection, les symptômes suivants peuvent apparaître : fièvre, toux, difficultés respiratoires (dyspnée), et dans les cas graves, insuffisance rénale ou choc septique.
2) Classification
Famille : Coronaviridae
Genre : Betacoronavirus
Sous-genre : Merbecovirus
Type de virus : Virus à ARN monocaténaire de polarité positive
Groupe de Baltimore : Groupe IV
3) Structure
Le MERS-CoV est un virus enveloppé, possédant une capside de forme hélicoïdale et un génome constitué d’ARN simple brin de polarité positive.
Résumé :
Enveloppé
Capside : hélicoïdale
Génome : ARN simple brin (+)
4) Cycle de réplication
1. Attachement : les protéines virales se lient au récepteur DPP4 (CD26) de la cellule hôte.
2. Entrée : le virus pénètre par endocytose.
3. Traduction précoce : synthèse des protéines non structurales.
4. Réplication : l’ARN viral est répliqué et transcrit en ARN subgénomiques.
5. Traduction tardive : synthèse des protéines structurales.
6. Assemblage : dans le réticulum endoplasmique et l’appareil de Golgi.
7. Bourgeonnement et libération : les virions sont libérés par exocytose.
5) Diagnostic
Méthodes directes :
RT-PCR (transcription inverse suivie de PCR) : permet d’identifier le matériel génétique du virus.
Culture virale et séquençage peuvent aussi être utilisés, bien qu’ils soient moins courants en routine.
Méthodes indirectes :
Sérologie : permet de détecter les anticorps produits par l’hôte en réponse à l’infection (techniques comme ELISA, immunofluorescence, test de neutralisation virale).
Le test de neutralisation virale détecte les IgM et IgG spécifiques, utiles en phase de convalescence ou pour la surveillance épidémiologique.
Conclusion
Le MERS-CoV est un coronavirus émergent identifié pour la première fois en 2012, responsable d’infections respiratoires sévères chez l’homme, avec un taux de mortalité relativement élevé. Transmis principalement par les dromadaires, ce virus zoonotique illustre les risques posés par les maladies à transmission animale. Sa structure, son mode de réplication et les méthodes de diagnostic actuelles permettent de mieux comprendre son comportement biologique et de surveiller sa propagation. Toutefois, en l’absence de traitement antiviral spécifique ou de vaccin largement disponible, la prévention repose sur la surveillance épidémiologique, les mesures d’hygiène, et le contrôle des contacts avec les animaux porteurs. Une meilleure connaissance de ce virus est essentielle pour anticiper et limiter les futures épidémies.
Synthèse :
La COVID-19 est une maladie infectieuse causée par le SARS-CoV-2, un virus à ARN de la famille des Coronaviridae, identifié pour la première fois en Chine en 2019. Elle se transmet principalement par les gouttelettes respiratoires et peut provoquer des formes allant de l’asymptomatique à des complications sévères comme le syndrome de détresse respiratoire aiguë.
Le virus est classé dans le genre Betacoronavirus et présente une structure typique des coronavirus, avec des protéines de surface (S, E, M) et une nucléocapside (N) enveloppant son génome. La protéine S est essentielle pour l’entrée du virus dans les cellules humaines en se liant au récepteur ACE2.
Le cycle de réplication débute par la fixation du virus sur la cellule hôte, suivie de l’entrée, de la réplication de l’ARN viral, de la synthèse des protéines, de l’assemblage des nouvelles particules et de leur libération.
Le diagnostic repose essentiellement sur la détection directe du virus par RT-PCR, qui reste la méthode de référence, ainsi que sur les tests antigéniques pour un dépistage rapide. La sérologie permet de détecter les anticorps après infection. Enfin, certains marqueurs biologiques comme la CRP, les D-dimères ou la lymphopénie sont utilisés pour évaluer la sévérité de l’infection.
Généralités
Le rhume banal est une infection virale bénigne des voies respiratoires supérieures, principalement causée par les rhinovirus. Il se manifeste par des symptômes tels que congestion nasale, écoulement nasal, éternuements, mal de gorge, toux et légère fièvre. Bien que généralement autolimitée, l’infection peut entraîner des complications chez les personnes vulnérables, comme des surinfections bactériennes ou des exacerbations d’asthme.
Classification
1 classification selon la structure virale
Famille : Picornaviridae
Genre : Enterovirus
Espèces : Rhinovirus A, B et C
Sérotypes : Plus de 100 identifiés
2. Classification étiologique (selon l’agent causal)
Rhinovirus : responsable de 30 à 50 % des cas.
Coronavirus : environ 10 à 15 %.
Virus respiratoire syncytial (VRS), adénovirus, para-influenza : chacun environ 5 %.
Structure
Les rhinovirus sont de petits virus non enveloppés, d’environ 30 nm de diamètre, possédant une capside icosaédrique composée de quatre protéines virales : VP1, VP2, VP3 et VP4. Le génome est un ARN simple brin à polarité positive, d’environ 7 200 à8500 nucléotides, avec une structure typique des picornavirus : une région non traduite 5′ (5′-UTR), suivie des régions P1, P2 et P3, et une queue poly-A à l’extrémité 3′ .
Cycle de réplication
1. Attachement : Le virus se lie au récepteur ICAM-1 sur les cellules épithéliales des voies respiratoires supérieures.
2. Entrée : Le virus pénètre dans la cellule par endocytose.
3. Libération du génome : Le génome viral est libéré dans le cytoplasme.
4. Réplication et traduction : Le génome est traduit en une polyprotéine qui est ensuite clivée pour former les protéines virales.
5. Assemblage : Les protéines virales et le génome s’assemblent pour former de nouvelles particules virales.
6. Libération : Les nouvelles particules virales sont libérées par lyse cellulaire, prêtes à infecter d’autres cellules .
Diagnostic biologique
Clinique : Le diagnostic est généralement clinique, basé sur les symptômes.
Tests moléculaires : La PCR multiplexe peut être utilisée pour identifier spécifiquement le rhinovirus, surtout en cas de symptômes atypiques ou de complications.
Culture cellulaire : Peu utilisée en routine en raison de sa lenteur et de sa complexité.
1. Généralité
Définition: Le rhume, ou rhinopharyngite aiguë, est une infection virale bénigne touchant les voies respiratoires supérieures (nez et gorge).
– Causé majoritairement par des virus, notamment :
– Rhinovirus (le plus fréquent)
– Coronavirus (autres que SARS-CoV-2)
– Adénovirus
– Virus respiratoire syncytial (VRS),
– Durée : en général 7 à 10 jours
– et leurs incubation : 1 à 3 jours
– Peut parfois évoluer vers une surinfection bactérienne (sinusite, otite)
2. Classification
a) rhinovirus : famille picornavidae, genre enterovirus, génome ARN simple brin positif, non segmenté
b) coronavirus saisonnier : famille coronaviridae, genre alphacoronavirus ou betacoronavirus, génome ARN simple brin positif long
3. Structure
a) rhinovirus
– il n’est pas enveloppé
– capsude : icosaedrique
– génome d’environ 7,2Kb ( kilobases)
b) coronavirus saisonnier
– il est enveloppé
– capsude : hélicoïdal
– Génome grande taille : 26 à 32 Kb
4. Cycle de réplication
a) rhinovirus
– se fixe au récepteur ICAM
– entre dans la cellule par endocytose
– libère l’ARN viral dans le cytoplasme
b) coronavirus saisonnier
– attachement via récepteur NL63 utilise ACE2
– il entre également par endocytose ou fusion directe avec la membrane
– l’ARN viral est libéré dans le cytoplasme
5. Diagnostic
– RT-PCR ( reverse transcription- polymerase chain reaction)
– tests antigéniques
– culture viral
La covid-19(Corona virus desease 2019) est une maladie infectieuse cause par le virus SARS S-cov 19 . Est un coronavirus emergent appartenant à la famille des coronaviridiae. Elle à étè identifies premierement en chine. Le SARS-cov19 est classe comme suit ; *domaine-riboviria
*ordre-nidovirales
*famille- coronaviridae
*sous famille-orthocoronavirinae
*genre-beteracoronavirus
*sous genre-sarbecovirus
*espece-Sars-cov-2
Le SARS-cov-2 est un virus enveloppe en ARN.
Le cycle de replication du SARS Dan’s les cellules hôtes suit plusieur etapes.
Les diagnostics se repose sur deux approche;
* approche directes(virus)
*approche indirect (anticorp).
LA COVID-19
1.Generaliter
La covid-19 (coronavirus desease 2019)est une maladie infectieuse cause par le virus SARS S-COV2 .
Est un coronavirus emergent appartenant à la famille des coronaviridae.
Elle à étè identifies premierement en chine.
2. Classification
Le SARS S-cov2 est classe comme suit;
domaine-riboviria
order-nidovirales
famille-coronaviridae
sous famille-orthocoronavirinae
genre-beteracoronavirus
sous genre-sarbecovirus
espece-SARS-cov-2
3. Structure
Le SARS-cov-2 est un virus enveloppe à ARN.
4. Cycles de replications
Le cycle de replication de SARS Dans les cellules hôtes suit plusieur etapes.
5. Diagnostics
Les diagnostics se repose sur deux approche;
Approche directe(virus)
Approche indirecte(anticorp).
*Syndrome Respiratoire Aigu Sévère (SRAS)*
* *Généralités :*
Le SRAS est une maladie respiratoire virale contagieuse causée par le coronavirus du SRAS (SRAS-CoV). Il a été identifié pour la première fois en 2003 lors d’une épidémie mondiale.
* *Classification :*
* Virus : Coronavirus
* Genre : *Betacoronavirus*
* Espèce : SRAS-CoV (SRAS-CoV-1, pour le virus original de 2003)
* Structure :
Le SRAS-CoV est un virus enveloppé avec un génome d’ARN monocaténaire de polarité positive. Les principaux composants structuraux comprennent :
* Protéine S (Spike) : Glycoprotéine responsable de la fixation du virus aux cellules hôtes.
* Protéine E (Envelope) : Protéine membranaire impliquée dans l’assemblage viral.
* Protéine M (Membrane) : Protéine la plus abondante, importante pour la forme du virus.
* Protéine N (Nucléocapside) : Protège le génome viral.
* Cycle de Réplication :
1. Attachement :La protéine S se lie au récepteur ACE2 (enzyme de conversion de l’angiotensine 2) sur les cellules hôtes, principalement dans les voies respiratoires.
2. *Pénétration :* Le virus entre dans la cellule par endocytose ou fusion membranaire.
3. *Libération du génome :** L’ARN viral est libéré dans le cytoplasme.
4. *Réplication :* L’ARN viral est traduit en protéines virales, y compris une ARN polymérase ARN dépendante (RdRp).
5. Assemblage : Les protéines virales et le génome sont assemblés en nouveaux virus dans le réticulum endoplasmique et l’appareil de Golgi.
6. Libération :Les nouveaux virus sont libérés par exocytose pour infecter d’autres cellules.
*Diagnostic Biologique :
RT-PCR (Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction) :Détection de l’ARN viral dans les échantillons respiratoires (écouvillons nasopharyngés,expectorations). C’est la méthode de référence pour le diagnostic précoce.
**Tests Sérologiques :* Détection des anticorps (IgM, IgG) contre le SRAS-CoV dans le sérum. Utile pour confirmer une infection passée ou pour des études épidémiologie
COVID-19
1. Introduction
La COVID-19 (Coronavirus Disease 2019) est une maladie infectieuse provoquée par un nouveau coronavirus nommé SARS-CoV-2, identifié pour la première fois à Wuhan, en Chine, en décembre 2019. Elle a rapidement évolué en pandémie mondiale, affectant des millions de personnes dans tous les pays [1].
Cette infection peut être asymptomatique, bénigne ou entraîner des formes graves, voire mortelles, notamment chez les personnes âgées ou présentant des comorbidités.
2. Généralités
– Agent causal : SARS-CoV-2 (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2)
– Mode de transmission : principalement respiratoire (gouttelettes, aérosols), mais aussi par contact avec des surfaces contaminées.
– Période d’incubation : en moyenne 5 à 6 jours, allant jusqu’à 14 jours.
– Symptômes fréquents : fièvre, toux, fatigue, perte de l’odorat (anosmie), maux de gorge, dyspnée [2].
3. Classification
Le virus appartient à la famille des Coronaviridae, sous-famille des Orthocoronavirinae, et au genre Betacoronavirus :
– Royaume : Riboviria
– Ordre : Nidovirales
– Famille : Coronaviridae
– Genre : Betacoronavirus
– Espèce : SARS-CoV-2
4. Structure
Le SARS-CoV-2 est un virus à ARN simple brin de polarité positive, enveloppé :
– Protéine S (Spike) : permet l’attachement à la cellule hôte (via le récepteur ACE2).
– Protéine M (Membrane) : maintient la forme du virus.
– Protéine E (Envelope) : rôle dans l’assemblage du virus.
– Protéine N (Nucléocapside) : lie l’ARN viral.
– Taille : environ 100–120 nm de diamètre [3].
5. Cycle de réplication
1. Fixation : la protéine S se lie au récepteur ACE2 de la cellule hôte.
2. Entrée : le virus entre par endocytose ou fusion membranaire.
3. Traduction : l’ARN viral est utilisé pour produire des protéines virales.
4. Réplication : synthèse de nouveaux ARN viraux.
5. Assemblage : les composants viraux s’assemblent dans l’appareil de Golgi.
6. *Libération : les nouveaux virions sortent par exocytose [4].
6. Diagnostic
– RT-PCR (Réaction en chaîne par polymérase en temps réel) : test de référence pour détecter l’ARN du virus.
– Tests antigéniques : détection rapide de la protéine virale.
– Sérologie : recherche d’anticorps IgM et IgG, utile après la phase aiguë.
Voici une synthèse claire et concise du thème Coronavirus : MERS-CoV (Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus), adaptée à un usage académique en biologie médicale :
1. Généralités
Le MERS-CoV est un coronavirus zoonotique identifié en 2012 en Arabie Saoudite. Il provoque des infections respiratoires sévères avec un taux de létalité élevé (~35 %). La transmission se fait par contact avec des dromadaires infectés ou entre humains dans un cadre hospitalier.
2. Classification
– Famille : Coronaviridae
– Genre : Betacoronavirus
– Lignée: C
– Génome : ARN simple brin, polarité positive (~30 kb)
Il appartient à une lignée différente de celle du SARS-CoV et du SARS-CoV-2.
3. Structure
Le MERS-CoV est un virus enveloppé, sphérique, contenant :
– Une protéine Spike (S) : fixation au récepteur DPP4 (CD26),
– Une protéine de membrane (M) et une protéine d’enveloppe (E): formation de l’enveloppe virale,
– Une protéine nucléocapside (N); liaison à l’ARN viral.
4. Cycle de réplication
1. Fixation sur le récepteur DPP4 de la cellule hôte,
2. Entrée par endocytose et libération de l’ARN viral,
3. Traduction en polyprotéines, formation du complexe de réplication,
4. Synthèse des ARN subgénomiques,5. *Assemblage et libération* des nouveaux virions par exocytose.
5. Diagnostic biologique
– RT-PCR : méthode principale pour détecter l’ARN viral (gènes upE, ORF1a, N).
– Sérologie (ELISA, immunofluorescence) : utilisée pour les études épidémiologiques ou les cas tardifs.
– Échantillons recommandés : voies respiratoires inférieures (expectorations, lavage bronchoalvéolaire) pour meilleure sensibilité.
COVID-19
1. Introduction
La COVID-19 (Coronavirus Disease 2019) est une maladie infectieuse provoquée par un nouveau coronavirus nommé SARS-CoV-2, identifié pour la première fois à Wuhan, en Chine, en décembre 2019. Elle a rapidement évolué en pandémie mondiale, affectant des millions de personnes dans tous les pays [1].
Cette infection peut être asymptomatique, bénigne ou entraîner des formes graves, voire mortelles, notamment chez les personnes âgées ou présentant des comorbidités.
2. Généralités
– Agent causal : SARS-CoV-2 (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2)
– Mode de transmission : principalement respiratoire (gouttelettes, aérosols), mais aussi par contact avec des surfaces contaminées.
– Période d’incubation : en moyenne 5 à 6 jours, allant jusqu’à 14 jours.
– Symptômes fréquents : fièvre, toux, fatigue, perte de l’odorat (anosmie), maux de gorge, dyspnée [2].
3. Classification
Le virus appartient à la famille des Coronaviridae, sous-famille des Orthocoronavirinae, et au genre Betacoronavirus :
– Royaume : Riboviria
– Ordre : Nidovirales
– Famille : Coronaviridae
– Genre : Betacoronavirus
– Espèce : SARS-CoV-2
4. Structure
Le SARS-CoV-2 est un virus à ARN simple brin de polarité positive, enveloppé :
– Protéine S (Spike) : permet l’attachement à la cellule hôte (via le récepteur ACE2).
– Protéine M (Membrane) : maintient la forme du virus.
– Protéine E (Envelope) : rôle dans l’assemblage du virus.
– Protéine N (Nucléocapside) : lie l’ARN viral.
– Taille : environ 100–120 nm de diamètre [3].
5. Cycle de réplication
1. Fixation : la protéine S se lie au récepteur ACE2 de la cellule hôte.
2. Entrée : le virus entre par endocytose ou fusion membranaire.
3. Traduction : l’ARN viral est utilisé pour produire des protéines virales.
4. Réplication : synthèse de nouveaux ARN viraux.
5. Assemblage : les composants viraux s’assemblent dans l’appareil de Golgi.
6. *Libération : les nouveaux virions sortent par exocytose [4].
6. Diagnostic
– RT-PCR (Réaction en chaîne par polymérase en temps réel) : test de référence pour détecter l’ARN du virus.
– Tests antigéniques : détection rapide de la protéine virale.
– Sérologie : recherche d’anticorps IgM et IgG, utile après la phase aiguë.
SYNTHÈSE DU COVID-19
COVID-19
1. Généralités
La COVID-19 (Coronavirus Disease 2019) est une maladie infectieuse causée par le virus SARS-CoV-2, un coronavirus émergent appartenant à la famille des Coronaviridae. Elle a été identifiée pour la première fois en Chine, à Wuhan, en décembre 2019 .
2. Classification
Le SARS-CoV-2 est classé comme suit : - Domaine : Riboviria - Ordre : Nidovirales - Famille : Coronaviridae - Sous-famille : Orthocoronavirinae - Genre : Betacoronavirus - Sous-genre : Sarbecovirus - Espèce : SARS-CoV-2
3.structure
Principales protéines structurales :
– S (Spike) : liaison au récepteur ACE2 humain.
– E (Envelope) : rôle dans l’assemblage.
– M (Membrane) : donne la forme du virus.
– N (Nucléocapside) : entoure l’ARN viral.
4. Cycle de réplication
Le cycle de réplication du SARS-CoV-2 dans les cellules hôtes suit plusieurs étapes 7 : 1. Fixation 2. Entrée fusion des membranes et libération de l’ARN viral. 3. Traduction de l’ARN viral en protéines non structurales. 4. Réplication du génome viral et transcription de sous-génomes. 5. Synthèse des protéines structurales. 6. Assemblage des particules virales dans le réticulum endoplasmique et Golgi. 7. Libération par exocytose.
5. Diagnostic biologique
Le diagnostic repose sur deux approches : directe (virus) et indirecte (anticorps). a) RT-PCR b) Tests antigéniques rapides c) Sérologie d) Examens biologiques complémentaires - CRP, ferritine : inflammation. - D-dimères : risque thrombotique. - Lymphopénie : indicateur de gravité .